医院始建于1913年，当时为北洋军阀建立的陆军军医学校附属医院。在国民党统治时期及日军侵占华北时期，曾数易其名。1949年2月，中国人民解放军接管国民党联合勤务总司令部北平总医院，并更名为中国人民解放军华北军区后勤部卫生部北京总医院，第一任院长为马丁。1949年－1955年间，医院曾四易其名，1955年更名为中国人民解放军北京军区总医院，并沿用至今，现任院长程齐波。

　　 医院位于北京市东城区东四十条西南角，毗邻东二环路。医院占地面积170933平方米，总建筑面积178561平方米，其中医疗用房建筑总面积95099平方米。医院医疗区分门诊楼、医技楼(西楼)、病房大楼三部分，其中96年建成的病房大楼建筑面积37331平方米。全院共展开床位1000张，设置科室47个，其中临床科室32个。医院有全军专科中心2个，即：全军肝病研究所、全军骨科中心；全军级重点学科2个，即：全军临床药理基地、全军生物力学医用热学计量测试研究总站；军区专科中心5个，即：北京军区消化内科中心、北京军区胸心外科中心、北京军区优生优育中心、北京军区临床药物研究所、北京军区总医院泌尿外科中心；院内重点学科3个，即：神经内科、血液科、超声科。

　　 全原有各级卫生技术人员1500人，其中高级技术职称人员240余名。博士、硕士研究生150余名。博士研究生导师1名，硕士研究生导师11名。另外，医院还有一批德高望重的老专家，如肝病专家贾克明、骨科专家胥少汀、时述山、超声专家简文豪、神经内科专家张葆樽、胸心外科专家任霖生、腹部外科专家华益慰、血液病专家杨科、消化内科专家李世荣、麻醉专家潘贤必等。 医院共有医疗设备总值9600余万元，其中价值万元以上设备595件。医院拥有美国产Adantage-signo-0.5T核磁共振波谱仪、美国产Prospeed X-CT 装置、西德产1250mA X线数字减影装置、英国产SL-75-14电子直线加速器。美国产ACUSON-128彩色多普勒超声诊断仪、美国产9000心电监护导管工作站、美国产CG-8000电话传送心电接收系统等多种大型仪器设备，能够充分满足临床及科研的需要。

　　 医院的科研工作也呈现良好的势头。“八五”期间，全院共获得国家科技进步二等奖（协作）1项、国家卫生部三等奖1项，协作一等奖2项、二等奖14项、协作二等奖4项，三、四等奖159项；“九五”期间，截至目前为止，共获得军队科技进步协作一等奖1项、二等奖5项、三、四等奖84项。同时申请到国家自然科学基金5项；默沙东基金1项。